本研究根據淡水河系2011年10月至2012年6月所收集之生態調查資料進行分析，資料範圍包含中下游人口密集區域共45個樣點，資料內容包含水體物化因子、大型底棲生物與魚類組成。根據環保署通用之RPI分布顯示淡水河流域中下游河段在相對於河口處15~35公里處汙染較為嚴重，上游及感潮河段汙染因稀釋效應使汙染程度較輕微。典型相關分析(CCA)顯研究區域內示大型底棲生物與魚類群聚組成與水體物化環境因子呈現顯著的相關，其中以水中溶氧量的影響最明顯，高溶氧代表高多樣性群聚結構，水體氨氮及BOD含量增加呈現的汙染因子明顯抑制生物的分佈，少數能棲息在高汙染區的物種均為汙染耐受性強的生物，生物群聚具有區域特性適合發展成指標。底棲無脊椎動物科級指數(FBI)與魚類完整性指數(IBI)及自行修訂後的豐富度排序加權指標(AOWI)均能正確反映河川汙染程度。各項指數之時空分布與RPI分布的趨勢雷同，相互之間亦具有顯著的相關。根據上述各項生物指標來評估淡水河流域2012年之水質情況，結果均顯示淡水河流域上游水質較佳屬於輕度汙染，相對於河口處15~35公里處屬於中度汙染，出海口區域受到潮汐影響，漲潮後水質屬於輕度汙染或是中度汙染邊緣。

This study was a meta-analysis using the data of ecological survey for Tanshui river, which was collected from October 2011 to June 2012. The data range included 45 sampling sites, each data point comprised physicochemical factors of sampling site, species composition and abundance of macroinvertebrate and fish. According to river pollution index (RPI) evaluated by EPA Taiwan, the most serious polluted waters located at the flow track length at 15-35 Km relative to river mouth as zero point, lower pollution level of upstream and downstream area was due to the dilution effect. The result of canonical correlation analysis (CCA) indicate that macroinvertebrate and fish community structure correlated with physicochemical factors significantly, the most important environmental factor was dissolved oxygen, higher dissolved oxygen indicate higher biodiversity, higher ammonia nitrogen and BOD content indicate serious pollution with lower biodiversity , only limit pollution tolerant species can live in contaminated waters. Biological community structure is well correlated with environmental gradient, and good to be used as biological index. The Family-level Biotic Index (FBI) drive from macroinvertebrate community, Index of Biotic Integrity (IBI) drive from fish community and Abundance Order Weighted Index (AOWI) drive from both biological community can represent the degree of pollution of river accurately. Spatial and temporal distribution of the biological index with similar trend of RPI and well correlated with each other. The water quality of Tanshui River evaluated by biological index in 2012 indicated that slight pollution of upstream area, medial pollution located at area of flow track length between 15-35 km, and downstream estuary affected by tidal movement was slight or medial pollution.

表目錄.......................................................II
圖目錄......................................................III
中文摘要.....................................................IV
英文摘要......................................................V
壹、前言......................................................1
貳、研究目的..................................................5
參、材料與方法................................................6
肆、結果.....................................................31
伍、討論.....................................................86
陸、結論.....................................................95
柒、參考文獻..................................................97

王漢泉 2002。台灣河川水質魚類指標之研究。環境檢驗所環境調查研究年報，9：207-236。

王漢泉、張寬敏 1985。淡水河流域軟體動物調查與水質評估。貝類學報，11：81-92。

王漢泉(2006)。臺灣河川生態全紀錄。展翊文化。175頁。

白梅玲、李培芬、端木茂甯 2006。氣候變遷對台灣淡水魚多樣性之衝擊評估。全球變遷通訊雜誌，49：23-37。

田志仁、吳承恩、黃顯宗、汪碧涵 2004。以水棲昆蟲為指標生物評估臺北外雙溪水質。自然保育季刊，45：38-46。

田志仁、汪碧涵 2004。河川生物多樣性調查方法與評估指標。環境檢驗，50：14-21

田佩玲 1994。溪頭地區北勢溪水棲昆蟲群聚結構及功能組成。臺灣大學昆蟲學研究所碩士論文。166頁

朱達仁 2005。魚類污染耐受之建構對納入IBI模式評估溪流整治之差異研究。中華建築學刊，1：43-49。 
邱郁文.2011。二仁溪生物多樣性永續利用推廣計畫p41。高雄市農業局。

李榮祥(2001)。台灣賞蟹情報。大樹文化。174頁。

李元陞、鄭雅玲、林和峰、林恩慈、洪文堂、莊國明 1995。以底棲動物為指標生物評估宜蘭水質的研究。國立宜蘭農工專科學校環境工程科、省立宜蘭高級中學。宜蘭農工學報，11：149-161。

李明儒 2004。頭汴坑溪環境生態評估指數之研究。國立中興大學水土保持學系博士論文。197頁

林春吉(2007)。台灣淡水魚蝦生態大圖鑑(上)。天下遠見出版股份有限公司。239頁。

林春吉(2007)。台灣淡水魚蝦生態大圖鑑(下)。天下遠見出版股份有限公司。239頁

段學花、王兆印、徐夢珍(2010)。底棲動物與河流生態評價(168頁)。清華大學出版社(北京)。168頁

宜蘭縣環保局(2005)。宜蘭河生態物種及數量之調查作業p7-1~7-23。宜蘭縣94年度水污染源稽查管制計畫。宜蘭縣環境保護局。

張明雄、王慎之、邵廣昭 (1999)。基隆河指標生物調查方法(魚類)。淡水河系生物相調查及生物指標手冊(EPA-88-G108-03-301)ｐ5-1~5-17，行政院環境保護署。

徐崇斌 1993。基隆河水棲昆蟲生物指標之研究。國立台灣大學植物病蟲害學系研究所。70頁

徐崇斌、楊平世 1997。應用水生昆蟲生物指標評估基隆河水質之研究，中華昆蟲17，3：152-162。

徐希蓮 2001。水生昆蟲與水質的生物監測。萊陽農學院學報，18：66-70。

楊平世、徐崇斌 (1999)。基隆河指標生物調查方法(水棲昆蟲)。淡水河系生物相調查及生物指標手冊(EPA-88-G108-03-301)ｐ3-1~45，行政院環境保護署。

施俊宏 2009。以CANOCO 軟體評估花蓮地區水系環境因子與水棲昆蟲之
關聯性。大仁科技大學環境管理研究所碩士學位論文。99頁

馮豐隆 2004。台灣溪流地景分類與生物指標之建置─以南崁溪、客雅溪、中港溪為例。台灣溪流地景建置林業研究季刊，3：25-36。

曾晴賢(1990)。台灣淡水魚(I)。行政院農業委員會。145頁。

曾晴賢(1986)。台灣的淡水魚類。臺灣省政府教育廳。183頁。

陳義雄、方力行(1999)。台灣淡水及河口魚類誌。國立海洋生物博物館。287頁。

陳文德(2011)。台灣淡水貝類(321頁)。國立海洋生物博物館。321頁。 
康世昌、楊仲圖（1994）。台灣的細蜉蝣(蜉蝣目)。中華昆蟲，14，93-113。

趙大衛 2006。貝類生物指標在環境變遷及汙染評估上的應用。環境教育季刊，42：67-76。

劉慈文 2006。溪流大型無脊椎動物與環境因子之關係研究。南華大學環境管理研究所碩士論文。129頁

蔡志偉 2009。集水區土地變遷對水域棲地環境影響評估之研究。國立中興大學水土保持學系博士論文。191頁

潘俊逸 2003。旗山溪水棲昆蟲生態及水質指標研究。國立高雄師範大學生物科學研究所碩士論文。113頁

陶天麟 2004。台灣淡水魚地圖。晨星出版社。384頁。

顏端佑 2008。福山地區溪流水棲昆蟲群聚結構及功能組成之季節變化。靜宜大學生態學系碩士論文。80頁

Atkinson, D. 1995. Effects of temperature on the size of aquatic ectotherms: exceptions to the general rule. J. Therm. Biol. 20: 61-74.

Armitage,P. D., D. Moss., J. F. Wright, & M. T. Furse. 1983. The performance of a new biological score system based on macro-invertebrates over a wide range of unpolluted running-water sites. Wat. Res. 17: 333-347
 
Bhatt, J. P. & M.K. Pandit. 2010. A macro-invertebrate based new biotic index to monitor river water quality., Current Science, 99, 2: 25.

Bressler D. W., J. B. Stribling, M. J. Paul & M. B. Hicks. 2006. Stressor tolerance values for benthic macroinvertebrates in Mississippi. Hydrobiologia. 573: 155-172.

Cudmore B., & N. E. Mandrak. 2004. Biological Synopsis of Grass Carp (Ctenopharyngodon idella). Canadian Manuscript Report of Fisheries
and Aquatic Sciences.

Callanan M., J.-R. Baars,& M. Kelly-Quinn. 2008. Critical influence of seasonal sampling on the ecological quality assessment of small headwater streams. Hydrobiologia. 610: 245–255.

Hilsenhoff, W. L. 1982. Using a biotic index to evaluate water quality in
streams. Technical bulletin.132.

Hilsenhoff, W. L. 1987. An improved biotic index of organic stream pollution. Great Lakes Entomol. 20: 31-39.

Hilsenhoff, W. L. 1988. Rapid field assessment of organic pollution with a family-level biotic index. J. N. Am. Benthol. Soc. 7: 65-68.

Hawkes, H. A. 1998. Origin and development of the biological monitoring working party score system. Water Research. 32, 3: 964-968

Karr, J. R. 1981. Assessment of biotic integrity using fish communities.Fisheries 6: 21-27

Karr, J. R. 1991. Biological integrity:A long-neglected aspect of water resource management. Ecological Applications(1): 64-84

 
Kang Shih-Chang.,Chung-Tu Yang. 1996. A new species of caenis stephens(Ephemeroptera: Caenidae) from Taiwan. 中華昆蟲，16，55-59。

Lenat, D.R. 1993. A biotic index of the southeastern United States: derivation and list of tolerance values, with criteria for assigning water-quality ratings. J. N. Am. Benthol. Soc. 12(3): 279-290.

Lepš, J., & P. Šmilauer.2003. Multivariate Analysis of Ecological Data Using CANOCO. Cambridge University Press.

Mandaville, S.M. 2002. Benthic macroinvertebrates in freshwaters – taxa tolerance values, metrics and protocols. (Project H-1) Soil& water conservation society of Metro Halifax.

Plafkin, J. L., M. T. Barbour, K. D. Porter, S. K. Gross, & R.M. Hughes. 1989. Rapid bioassessment protocols for use in streams and rivers-Benthic macroinvertebrates and fish: U.S. Environmental Protection Agency, Office of Water, Washington, D.C., EPA-440/4-89-001, 190 p

Reynolds, S. K. ＆ A. C. Benke. 2005. Temperature-dependent growth rates of
larval midges (Diptera: Chironomidae) from a southeastern U.S. stream.
Hydrobiologia, 544: 69–75.

Sweeny, B. W., R. L. Vannote, & P. J. Dodds. 1986. Effects of temperature and food quality on growth and development of a mayfly, Leptophllebia Intermedia. Can. J. Fish. Aquat. Sci. 43：12-18.

Ward, J. V., & J. A. Stanford. 1982. Thermal responses in the evolutionary ecology of aquatic insects. Ann. Rev. Entomol. 27：97-117.

日文文獻
川合 禎次(1985)。日本產水生昆蟲檢索圖說。東海大學出版會。409頁

川合 禎次、谷田一三(2005)。日本產水生昆蟲。東海大學出版會。658頁

網路資料
二仁溪整治生態效益網站
http://ivy1.epa.gov.tw/rivereco/p1-3-ecosystem2.asp
台灣大學數位動物博物館-淡水魚資料庫
http://archive.zo.ntu.edu.tw/fish_search.asp
台灣魚類資料庫
http://fishdb.sinica.edu.tw/chi/home.php
Soil & Water Conservation Society of Metro Halifax(SWCSMH)-Taxa Tolerance Values
http://lakes.chebucto.org/ZOOBENTH/BENTHOS/tolerance.html
美國環保署首頁(United States Environmental Prptection Agency，EPA)
http://water.epa.gov/scitech/monitoring/rsl/bioassessment/ch07main.cfm